菜单界面
X100S并没有沿用X100的菜单界面，而是与X-Pro1/X-E1相似，色调以黑色为主。这种新的菜单界面，在拍摄和回放菜单中，各个功能以标签形式链接显示，方便用户进行快速的选择和设置。只要选中一个标签，无需滚动菜单即可在显示的列表中找到需要的项目。
支持快门次数记录
胶片模拟上X100S支持最新的PRO Neg.Hi（专业负片高感光度）、PRO Neg.Std（专业负片标准）。
AUTO ISO
自动感光度设置方面，X100需要进入设置菜单内设置是否开启AUTO ISO，这个设计有些类似尼康，到X100S可以通过Fn或Q键直接将ISO选成“自动”，无需先开启。至于具体设置，可以进入菜单的ISO→自动，按右键进入“ISO自动控制”对默认感光度（一般设最低ISO200）、最大感光度、最低快门速度三项进行设置。
创意滤镜
富士此次为X100S增加了创意滤镜功能，不过富士将该功能处理的比较低调，在拍摄菜单第四个标签下，可以将该功能开启。该功能包含高调、低调、玩具相机、柔焦、流行色彩、微缩景观、动态色调、局部色彩（红、橙、黄、绿、蓝、紫）8种艺术滤镜效果。这些滤镜我们在其他品牌相机上都已见过，值得一提的是动态色调滤镜，该滤镜类似奥林巴斯的戏剧效果，是一种艺术色调HDR，口味较重。
