相机的背面是这次变化较大的地方。LCD左侧第三个按键与机背转盘上键功能对调，这样左侧按键变成Drive键，而转盘上键为AF。此处改变主要是出于使用频率的需要，在拍摄当中AF键配合方向转盘改变焦点的操作更多，且两者设计在一起操作更方便，而Drive键主要用于切换驱动模式，实际使用并不频繁，如此互换后更为合理。
值得注意的是X100S机背转盘中间的MENU/OK键比上代更为凸出，上代X100由于该按键比较平，用户经常按该键时误触周围转盘，造成不少麻烦。X100S的新设计完全避免了该问题。
在X100背面右下角有个RAW按键，X100默认的格式为JPEG，如果想要以RAW格式拍摄下一张照片，需要按下RAW按键，切换到JPEG+RAW 以两种格式拍摄下一个场景。在X100S上富士将RAW按键改成Q（快速菜单）按键。此前Q按键在X-Pro1/X-E1上已经得到应用，按下该按钮可直接进入常用拍摄界面对各种设置进行修改，功能要比RAW按键强大得多。
接口方面，X100S与上代相同，仅支持USB2.0和HDMI Mini两个接口。不过通过USB接口X100S可外接立体声麦克风。存储方面，X100S支持SD/SDHC/SDXC（UHS-I）存储卡。供电方面，X100S与X100相同配备了NP-95（1800mAh）锂电池。需要注意的是富士并没有提供“傻瓜式”设计，电池两头正反均可插入电池仓，用户使用时一定要注意。
