菜单界面
快速导航专业版
为了更舒适和直观的操作，索尼α99采用新研发的Quick Navi Pro界面（快速导航专业版），该界面从α700、α900的界面加以改良，加入柱状图及电子水平仪等参数，操控更为直接，无需进入主选单即可以快捷地以单手设定各项重要拍摄参数。
（静音）多功能控制器
静态拍摄和短片拍摄下 该按钮可自定义内容有所差别
前文提到相机右下角的多功能控制器（α77上是对焦模式选择器）可以自定义的，该旋钮还是针对降低旋钮操作音量而设计，在拍摄短片时可以降低操作音。
默认为对焦方式；可自定义对焦区域 曝光补偿 ISO等
该按钮和转盘默认与α77一样是选择对焦模式，如果自定义其他功能，可以长按该按钮，取景器或显示屏出现，这样转动转盘可以进行选择。静态拍摄下可选：对焦模式/自动对焦区域/选择自动对焦区域/曝光补偿/测光模式/ISO；动态短片下可选：录音音量/对焦模式/自动对焦区域/选择自动对焦区域/曝 光补偿/测光模式/ISO/快门速度/光圈。不过该按钮无法在关机状态下设置，如果使用手动对焦，只能使用镜头上的切换开关，镜头不具备切换开关只能开机后调节。即便开机后。
自动对焦范围控制功能
前文提到索尼α99支持自动对焦范围控制功能，用户只需设定自动对焦系统的识别距离范围，即使主体的前景或背景有其他移动物体，亦只会对焦于指定范围之内的主体，提升对焦准确性。该功能主要减少前景背景干扰，其实在长焦、微距镜头上都有对焦范围选择开关（譬如2.5m-∞），索尼将该功能应用到机身上，让更多镜头可以调节。
避开笼子干扰拍摄笼中小鸟
具体操作就涉及到机身背面的AF RANGE按钮，按下该按键后，屏幕或取景器上出现对焦点（19个点对焦及102个辅助对焦点）还有对焦范围拍摄距离标尺，用户可以用过前后波轮来设定最大拍摄距离和最小拍摄距离，此时观看屏幕或取景器上的对焦点，与设定的AF范围内的被摄体重叠的对焦点和辅助对焦点会变成黄色。再按一下AF RANGE按钮便会锁定距离，如果取消的话还须再按一下。
