索尼α99采用了XGA OLED Tru-Finder 约236万像素电子取景器。该电子取景器与α77稍有不同，虽然同样达到100%视野率，但由于α99是全画幅，取景器视角变化，放大倍率为0.71倍（APS-C画幅α77为1.07倍），光线感应器也挪到下方。电子取景器的好处在于显示信息、显示内容更为丰富，包括参数设置显示、放大显示、用于微调手动对焦的峰值显示，以及能真实再现所拍摄照片的背景/前景虚化的照片回放功能。当将APS-C 画幅镜头( DT镜头) 安装到相机上时，相机会自动转换视角为APS-C 画幅来记录和回放图像。该电子取景器兼容APS-C 格式，并全屏显示场景，而其他品牌的光学取景器只能采用周围变暗遮挡的方式。当然索尼的这种切换是自动的，并不能像尼康那样强制关闭。
至于显示屏，索尼α99采用与α77类似的三向可翻折显示屏，但还是有一些变化，精度从92万点提升至123万点。显示屏向上可翻折从150度缩小至140度（可能取景器突出所致），此外该屏幕还第一次采用WhiteMagic技术,在阳光明媚的户外条件下, 其屏幕的能见度优于约92.1万有效像素的Xtra Fine 显示屏。
接口方面，索尼α99还是丰富的，包括闪光同步接口、遥控接口、电源接口、麦克风插孔（3.5mm立体声接口）、耳机插孔、迷你HDMI接口和USB2.0(高速)接口。值得注意的是国行版的索尼α99是没有GPS的。
存储卡仓与供电电池
存储方面，索尼α99采用了双卡槽设计。其中一个卡槽支持SD存储卡，另一个支持SD存储卡和记忆棒。双卡设计允许同时备份（录制会按RAW 格式文件/ JPEG 格式文件，或照片/ 视频数据排序），且双卡之间也可进行复制。此外它还允许视频被同时录制到两张卡中。 供电方面NP-FM500H，容量为1600mAh，官方标称使用电子取景器拍摄约410张，使用LCD拍摄约500张，这样的数据比α77有所下降，对于一款全画幅高端产品这样的续航能力并不乐观。
