自动对焦微调
可以存储40个镜头的调节数据，并且对变焦镜头还可以区分广角端和长焦端分别调节，针对同一型号的镜头还可以区分序列号分别存储。
自定义功能
自定义功能主要应用在两个地方：1）重新安排按钮的功能以适应不同人的习惯；2）调整自动对焦的参数，比如选择追焦趋向“稳定”还是“活跃”，试用后感觉，选择不同的参数，6D的表现就象换了一台相机一样。
自动对焦
6D具有11个对焦点，和它一样有11个对焦点的还有早期的尼康相机如D2H，以及众多型号的宾得相机。由于6D是全幅机型，其对焦点的覆盖范围比起APS机型来说还是要小很多。虽然11个对焦点不多，但是也比5D markII要多两个，而且其中心对焦点支持2.8精度，它由5.6的十字传感器加上2.8的一字传感器组成，当使用2.8或更大光圈的镜头时，将由2.8感应器进行竖线的对焦，5.6感应器进行横线的对焦。
通过使用更高信噪比的感应器，6D还实现了EOS首次低至-3EV照度下的自动对焦，对比其他机型，6D是目前最好的。
| 机型 | 对焦亮度下限 |
| EOS 6D | -3EV |
| EOS 1DX，5D MarkIII | -2EV |
| EOS 7D，60D | -0.5EV |
实拍感觉f2.8光圈精度的中心对焦点确实精度很高，一致性也很好，可以放心使用大光圈长焦全开拍摄。拍摄动态时的对焦速度也满意，并且自定义功能可以由用户自行选择偏“锁定”还是偏“敏感”，以适应不同的拍摄题材。
