机身顶部控制部件和F80完全相同：左边是拍摄模式转盘，有PSAM四档外加CSM(用户设定)和ISO(感光度)。转盘下面还有一个轮盘选择“过片“模式：单拍，连拍，定时，重拍。机顶右方有电源开关，补偿按钮，闪光补偿按钮，LCD(液晶显示器)和显示器照明灯，主指令转盘和副指令转盘。
与胶片相机不同之处最多在机身后背。后背上方有F80原有的按钮：BKT(包围曝光)，闪光模式，测光模式(点测，多区程序，中央偏重)，AE-L/AF-L(自动测光锁和自动对焦锁)。富士增加与数码相关的控制部件有两个液晶显示屏：一个长方形的单色显示屏以显示各种配置和状态，一个彩色显示屏以显示拍摄后结果和菜单。在机身后背散落各方有四个带标记的按钮：FUNC(功能)，PLAY(预览)，MENU/OK(菜单/确认)，BACK(返回)。FUNC按键与其右方四个没有标记的功能按钮可以控制多种功能，包括拍摄图片大小选择，图片质量，白平衡，色彩浓度，色调浓度，锐化程度等。在浏览模式时这几个功能按钮又变成阶梯图(Histogram)显示，灰度条和彩色条显示，删除确认等。这种功能按钮的方式非常有效，使用很小的面积提供了众多的控制功能，避免了一些当今数码相机过多控制按钮的毛病或者需要频繁使用菜单的问题。
F80原有的十字控制焦点选择杆在S2被同时应用于控制菜单导向。菜单选择项目共有两页十二项，基本于相机基本配置有关如浏览模式，日期设定，语言选择等。和其他数码单反相机不同，与拍摄相关的数码设定不在菜单内实行而是用FUNC和四个软按钮实行，如图象大小，Jpeg压缩质量，白平衡，色调，锐利度等。此外当使用机身顶部的转盘配置用户设定(CSM)时，除了象F80在机顶的液晶显示屏的难以理解数字组合以外，在后背的彩色液晶显示屏有详细的文字显示，方便用户选择。用户设定共有十五项，与F80基本相同。有趣的是导向和选择用户选择还是沿用机顶的主指令盘和副质量盘，与F80完全相同。由此可见富士基本上没有改变F80的控制部件，只是把与数码相关的功能和控制部件增加到F80机身后背上。
