在一篇富士GFX 100的开发访谈中，对比了GFX 100与GFX 50相机的对焦速度。从X-Pro1到X-Pro2的主要变化是相位检测AF的加入。与GFX 50S / 50R的变化相比，GFX100也是如此。此外，GFX100的AF算法与X-T3相同，这意味着它不仅速度快，而且在低光照条件下，高速移动目标以及低对比度目标拍摄时会更加强大。
GFX 100在AF速度方面具有最大优势的镜头是GF63mm和GF45mm，GF镜头的GF镜头自动对焦速度排名（最新的GF镜头固件udpate）：
GF 23mmF4 R LM WR - 0,140秒
GF 45mmF2.8 R WR - 0,183秒
GF 63mmF2.8 R WR - 0,186秒
GF 110mmF2 R LM WR - 0,208秒
GF 120mmF4 R LM OIS WR微距 - 0,181秒
GF 250mmF4 R LM OIS WR - 0,212秒
GF 32-64mmF4 R LM WR - 0,168秒
