机身背面的按钮布局完全与EOS-1D X Mark II一致，老用户可以直接上手，无需学习操控的时间成本。佳能机器经典的大拨轮以及双摇杆都是标配，除了主菜单外还能通过Q键来呼出快捷菜单。在3.2英寸主屏幕的下方还带有一个小副屏，可以显示当前拍摄图片的尺寸、存储卡以及文件名等信息。
如果仔细观察会发现，机身背部的AF-ON按钮与EOS-1D X Mark II有所不同，EOS-1D X Mark III在AF-ON上融合了一个智能触控感应器，可以通过手指接触来调整对焦。
相机的存储卡槽同样位于机身后背处，EOS-1D X Mark III采用了双CF express卡设计，这种新型存储卡具备了高速读取能力。能很好与EOS-1D X Mark III搭配发挥其高速连拍性能，即使相机同时记录JPG+RAW文件，依然能够连续拍摄超过约1000张照片。
机身底部带有型号铭牌以及标准三脚架螺孔。
