机背的按键稍多，但也没有超出正常的范畴，所有的按键都在LCD显示屏的右侧，方便摄影师持机时单手操作。机背上方从左至右依次是EVF取景器、取景切换按钮、删除、对焦模式拨杆、Fn按键、后拨轮、Fn按键。LCD右侧依次是八向对焦拨杆、菜单/确认按键、回放、Disp/返回按键。在右侧边缘增强握持的凸起区域，还有一枚Fn按键以及快速菜单Q键。
物理按键、拨盘的设计总得来说可以让摄影师最快速的进行常用参数的调整，搭配Fn按键可以做到眼睛不离取景器进行拍摄参数调整，当然采用了EVF的GFX 50R即便是要进行复杂参数的调整同样也可以不用眼睛离开取景器。这里要提到的是GFX 50R采用了富士目前最新的设计思路，取消了四向功能按键的设计，简化了机背的物理按键区域，八向对焦拨杆不仅可以快速的调整对焦点，在菜单设置调整时也可以充当四向功能按键。精简了物理按键，搭配克制的Fn按键，让GFX 50R在发烧友手中或是专业摄影师手中，操控逻辑都可以满足他们不同的需求。
翻折屏支持触摸，支持三向调节，和GFX 50S一样，在竖拍时菜单画面也会同步旋转。
机身左侧由于内部为电池仓设计，因此没有非常丰富的接口区域，在机身左侧上方取景器屈光度调节钮前方，掀开密封小盖是2.5mm的遥控快门/麦克风接口。
机身右侧为双SD卡槽，最高支持UHS-II。在卡槽上方掀开小盖是HDMI接口。接口部分来说GFX 50R满足正常的商业摄影各类同步插口以及HDMI输出，同时支持2.5mm的Mic，没有耳机接口也就说明并不支持视频拍摄时同步监听。从这个角度来看，GFX 50R并没有将视频拍摄功能凸显出来，但对于我来说，我宁可希望GFX 50R不具备拍摄视频的功能，成本进一步下探。
