在单次对焦时，E-M1 MarkⅡ的相位对焦系统与反差对焦系统会一起工作，形成混合对焦系统，根据主体和背景的关系，焦平面相位对焦和反差对焦会相互配合，以获得更快的对焦速度。在连续对焦时，依靠高刷新率的反差对焦进行连续追焦。
而且这台微单旗舰还内置了对焦限位功能，不论是搭载限位器亦或是没有搭载对焦限位功能的镜头，都可以配合使用，以达到减少对焦计算，实现更快合焦速度的效果。
