E-M5 Mark II与E-M5一样采用主拨盘、辅助拨盘的双拨盘设计,只是位置上有所变化，主拨盘从左后方挪到右侧，主拨盘主要作用是转换程序（P）、调节光圈（A）、选择快门（S），而在M档下主拨盘选择光圈，辅助拨盘调整快门。当然辅助拨盘也有调节曝光补偿的作用。此外，该机除了支持B门还支持定时摄影（TIME\T门）。
切换拨杆
E-M5 Mark II机身上的按键、拨杆设计参考了E-M1，与上代E-M5不同。取景器右侧控制拨杆的功能与E-M1一样，在“1”档，主辅拨盘均为默认设置，上文已有介绍，而在“2”档，主辅拨盘可以调节ISO和白平衡。
背面按键分布
侧开旋转屏
E-M5 Mark II与以往产品的翻转屏不同，而是采用侧开式旋转屏，这种设计翻转角度更灵活，俯拍、仰拍甚至自拍都不是问题。再加上触控操作，可以提升用户体验。
接口与存储仓
外置手柄触点与标配电池
接口方面，E-M5 Mark II支持USB 2.0（多功能专用接口）、HDMI微型接口、3.5立体声插孔（外接麦克风） 。续航方面这款相机与E-M1、E-M5通用，采用BLN-1可充电式锂电池。存储方面，则支持常见的SD、SDHC、 SDXC，UHS-I、II兼容、Eye-Fi卡兼容。
