简单来说就是两者光学低通滤镜不同，那么光学低通滤镜是什么？为何改变它可以提高清晰度？
1.光学低通滤镜
所谓低通滤镜位于图像传感器前方，其主要作用是减少伪色和摩尔条纹。这是差拍原理的一种表现。从数学上讲，两个频率接近的等幅正弦波叠加，合成信号的幅度将按照两个频率之差变化。摩尔纹的消除最简单的方法就是使数码相机的解像力小于感光对象的空间频率，使其成为“灰阶”化即可，但这是要以牺牲少量锐利度为代价。
2.伪色和摩尔条纹
摩尔纹和伪色
那么什么是摩尔纹，又为何产生的呢？摩尔纹是数码照相机的图像传感器出现的高频干扰，会使图片出现彩色的高频率条纹。由于摩尔纹是不规则的，所以并没有明显的形状规律。
产生原理：摩尔纹是差拍原理的一种表现。从数学上讲，两个频率接近的等幅正弦波叠加，合成信号的幅度将按照两个频率之差变化。如果图像传感器CCD（CMOS）像素的空间频率与影像中条纹的空间频率接近，就会产生摩尔纹。
要想消除摩尔纹，应当使镜头分辨率远小于图像传感器的空间频率。当这个条件满足时，影像中不可能出现与图像传感器相近的条纹，也就不会产生摩尔纹了。为了减弱摩尔纹，数码相机安装光学低通滤波镜滤除影像中较高空间频率部分，这当然会降低图像的锐度。数码相机如果像素密度能够大大提高、远远超过镜头分辨率，也不会出现摩尔纹（镜头分辨率远小于图像传感器的空间频率）。
3.D800E与D800低通差别
尼康D800与D800E采用的低通滤镜为多层结构采用了防反射涂层，光学滤镜的双滤光片切换器和抗反射涂层性能，两款机型保持一致。尼康在多层构造低通滤镜的分界面上镀有防反射涂层，该涂层可增大透光率，提高聚光效率。
首先我们要清楚尼康D800E并非完全取消低通滤镜，而是“移除了抗锯齿和摩尔条纹操作”，以尽可能获取最清晰的影像。
D800与D800E低通滤镜结构对比
那么是如何移除的呢？光线通过低通滤镜时，并非将所有的光波平均分成2束，可以认为直线传播的是横向振动的光波，被分离的是纵向振动的光波。分离开的光波振动方向不同。D800的低通滤镜单元将被分为2束的光波通过波片改变相位（实际变为圆偏振光），第2片低通滤镜再将光波分为2束，最初的1束就变为4束。而D800E的低通滤镜单元中，第1片低通滤镜将光波分为2束的步骤与D800相同，然后使用不会改变相位的光学玻璃代替了波片让光线通过。第2片滤镜使用和第1片相同的滤镜，但将其旋转180度安装。这样一来被第1片低通滤镜所分离的光线中，横向振动直线传播的光线仍旧直线传播，而纵向振动被分离的光线会以和通过第1片滤镜是相同的角度朝反方向折射。这样最初分为2束的光波重新汇聚为1束，和没有低通滤镜时相同。
简单来说就是D800低通滤镜1和低通滤镜2均是正向作用，将1束光线1变2,2变4；而D800E低通滤镜1和低通滤镜2是相反的，这使得将1束光线1变2,2变回1，是个还原过程。理论上做到D800E这套低通滤镜是无效的，不过理论归理论，实际当中，编辑认为光线在通过这些镜片的过程中是存在一定损失的，这要看这些镜片的介质本身，所以很难做到还原100%。
有人会问D800E这样做是不是有些多此一举？为什么不完全去掉低通滤镜？据尼康官方解释是为了保持D800E和D800的共通设计，所以并没有改变机型构造。基本上除了低通滤镜以外，两款机型的设计都是完全相同的。如果直接把低通滤镜去掉的话，焦点位置就会发生改变，机身的构造就要发生很大的变更了，那样的话就不是D800E，而是开发一款别的产品了。说白了D800E仅仅是D800的分支，并非一款全新产品，此后推出的D7100、COOLPIX A就去除光学低通滤镜。至于D800E价格会较高一些（国内两者差价接近4000元），尼康方面解释是因为使用了光学上具有消除效果的其他滤镜。
