机身上方左侧是带锁定的模式转盘，模式转盘可以360度任意旋转。电源开关在模式转盘下方。操作机构有无锁定，也是机身定位高低的一个重要特征，越是专业相机，各种锁定越多，当然这个锁到底是多余的累赘还是重要的保险，各人有各人的看法。
机身后部是3寸104万像素的液晶屏，固定式，不可翻折。除了左上方有MENU和INFO.两个按钮，液晶屏左侧没有按钮。最近一些机型都有类似的设计，例如宾得K-5，都将拍摄相关的按钮都尽可能集中在右侧，只留一两个在拍摄时不需要频繁操作的按钮在左侧，这样使得拍摄过程中只需要单手（右手）操作即可，同时也减少了机身的宽度。
高端机上的8方向摇杆在6D上被取消了，代替它的是一个8方向按钮（或者应该叫按"盘"更合适），后背上大型的圆形转盘也相对缩小了。
其他几个按钮，和5DmarkIII一样，只是位置略有不同而已：LiveView开关，回放，放大，删除，Q，以及右下方的一个拨动的LOCK开关。Q按钮采用了和60D一样的不规则外形，相对来说没有全是圆点的造型好看。
右手拇指处的三个按钮也和5D markIII完全一样：AF-ON，曝光锁定，焦点选择。6D在后背上仅仅比5DIII少了两个不重要的按钮"RATE"和"照片风格"。
