背面的变化尤为明显，最突出的就是取消了方向按键区，增加了一枚八向拨杆。整体来说，X-E3将所有按键都移动到了LCD显示屏的右侧，提升了单手操作的便利性，并且精简合并了一部分快捷按键。X-E3的背后按键布局可以让摄影师完全单手操作，眼睛不离开取景器就可以完成全部操作。
在机身宽度减少，并且按键都放置在LCD右侧的情况下，再容纳下方向键组合就显得非常拘谨，因而取消掉了四向方向键和Menu&OK键组合。原本的方向调整可以被八向拨杆所替代，而MENU&OK键则置于八向拨杆的下方，这个设计的改变需要玩家们适应一段时间。
快速选择键位于拇指凸起处，并且在新的按键布局下，快速选择菜单的重要性进一步的突出了出来。
