据统计，红树林最多时曾有190种鸟类，其中的20多种属于国际、国内重点保护的珍稀品种。自然保护区内地势平坦、开阔、有沼泽、浅水和林木等多种自然景观，在此可观赏到落霞与千鸟齐飞、静水共长天一色的自然美景。每年约有40万只近200种候鸟来红树林保护区内停歇越冬，以鹭、鸥、雁、鸭等为主，包括白鹳、白皮鹭、中华秋沙鸭等55种国家重点保护鸟类。在下沙社区相伴的这片红树林湿地，栖息着一种濒危鸟类——黑脸琵鹭，去年已达到了创纪录的311只。而据2005年全球同步的“鸟口普查”结果显示，全球已知黑脸琵鹭数量仅有1475只，深圳占全球总数的21%。
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